Departemen yang ada dalam Gereja Persekutuan Kristen Alkitab Indonesia yaitu:
- Departemen Pekabaran Injil
- Departemen Pendidikan Theologia Alkitab
- Departemen Pendidikan Umum
- Departemen Sosial
- Departemen Penerbitan/literatur
- Departemen Persekutuan Angkatan Muda Kristen Alkitab (PAMKA)
- Departemen Siaran Radio dan TV
- Departemen Kesehatan
- Departemen Perumahan
- Departemen Penterjemahan Alkitab
- Departemen Kaum Wanita
- Departemen Kaum Bapak
- Departemen Anak dan Remaja
- Departemen Koperasi
- Departemen Pertanian, Peternakan dan Perkebunan
